Esta firma lleva ya 500 años mareando a los historiadores, los cuales han dado las explicaciones que han querido.

Salvador de Madariaga sostiene que se trata de una fórmula cabalística, y encuentra en su estructura triangular, especialmente en las S punteadas, una transfiguración del esotérico hexagrama o es trella de David. Madariaga apuntala así la hipótesis de que Colón era sefardita, un judío de origen español cuya familia habría emigrado cuando los judíos fueron expulsados por la Corona de Aragón en 1391. 

Otros eruditos ven en esta fórmula un kaddish, la oración fúnebre que dicen los judíos para sacar un alma del purgatorio, que empieza: “Shaday, Shaday, Adonay, Shaday”(son nombres para designar a Dios sin utilizar el de Jehová, demasiado sagrado). 

Otros arriman el argumento a sus conveniencias y hacen aparecer las palabras que les convienen para sus tesis.

La explicación mas logica es simplemente que Colom anteponia sus cargos a la de su firma : 
"S.”significaría Señor (tratamiento de almirante); 
“.S. A .S.”, sería Su Alta Señoría (tratamiento de virrey); 
“X M Y”, Excelente, Magnífico e Ilustre (tratamiento de gobernador, capitán general y miembro del Consejo).

XpoFERENS, significaria Maestre de la Orden del Temple. Y la JS entrelazadas de la izquierda, San Juan Bautista, patrón del Temple.

Por mucho que haya gente que vea el " JS; " una abreviatura de Joan Colom, yo no entiendo porque alguien va a firmar al mismo tiempo con un alias y con el nombre real. Y si las instrucciones que da a su hijo Diego  de mantener la firma a él y sus sucesores en el cargo, no tiene mucho sentido al llamarse su hijo Diego y no Juan. Por lo tanto esta claro que la firma indica los cargos hereditarios, y nada más.